Altmannshausen ist ein Ort, mit alten Wurzeln. Die ersten historisch gesicherten Daten zu Altmannshausen finden sich aus dem 13. Jahrhundert im Staatsarchiv in München. Eine Kirche, die dem heiligen Jakobus geweiht ist, wird in Altmannshausen 1420 erstmals urkundlich erwähnt. Es war eine würzburgische Pfarrei und gehörte vor, als auch nach der Reformation, zum Kapitel Iphofen.
Das heutige Gotteshaus wurde in den Jahren 1611 bis 1612 durch den Würzburger Fürstbischof Julius Echter von Mespelbrunn als kleine gotische Kirche gebaut. Sein Wappen ziert noch heute den spitzbogigen Türrahmen zur Sakristei. 1613 wurde sie durch den Würzburger Weihbischof Eucharius Sang dem Heiligen Jakobus-Major geweiht.
Den ursprünglichen Kirchturm zerstörte 1750 ein Orkan, er fiel auf das Dach des Kirchenschiffs.
In den Jahren 1801 - 1803 wurde der Turm repariert und um ein Stockwerk erhöht, er wurde mit Schiefer gedeckt (vorher mit Ziegelsteinen) und erhielt die heutige Form der Zwiebelkuppel. Ebenfalls in dem Zeitraum 1801-1803 wurde die Kirche nach Norden erweitert. Vermutlich hat man bei dieser Renovierung auch die spitz zulaufenden gotischen Fenster vermauert und die heutigen Rundbogen-Fenster eingefügt. Bei dieser Gelegenheit wurde auch der Friedhof an den Ortsrand verlegt.
Als im Jahre 1818 die mittelfränkischen Pfarreien des Bistums Würzburg der Erzdiözese Bamberg zugeteilt wurden, kam Altmannshausen zum neuerrichteten Dekanat Scheinfeld.
Die letzten Umbaumaßnahmen der Pfarrkirche erfolgten im Jahre 1973 unter Pfr Hermann Hink. Es war jedoch nur ein Innen- Aus- und Umbau. Die Kirche wurde mit Heizung, neuem Fußboden, neuen Bänken und einem neuen Beicht-stuhl ausgestattet. Der Außenaufgang zur Empore wurde nach innen verlegt.
1990 und 2013 musste der Kirchturm unter erheblichen Kostenaufwand weitere Male renoviert und saniert werden.
2013 musste aus Sicherheitsgründen auch das Kirchendach neu gestützt und stabilisiert werden. Außerdem erhielt die gesamte Kirche einen neuen Außenanstrich und die Uhrzeiger strahlen seitdem in neuem Glanz.